陸上競技部は、創部56年を迎える伝統ある部です。都大路出場5回、インターハイ入賞、国体優勝など数々の実績を挙げ、幾人もの名選手を送り出してきた輝かしい歴史を持っています。現在は、長距離（山川貴広監督）、短距離（小野友樹監督）、女子長距離（藤田朋子監督）とブロック毎に専門を分け活動しています。

　男子長距離ブロックと男女短距離ブロックは、松山陸上競技場を拠点とし、「自己記録更新・夏のインターハイ出場・冬の都大路出場」を目指して、日々の活動に取り組んでいます。『笑顔は引力』を合い言葉に、声をかけ合い、高め合う環境で練習しており、学校生活が競技に繋がることを自覚し、一日一日を大切に考動しています。

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女子長距離ブロックは、長崎市総合運動公園（柿泊）でのポイント練習や、唐八景でのクロカン練習、水泳、ウエイトトレーニング等、総合的な体力作りをベースに、少人数で練習しています。酸素カプセルを導入し、疲労回復、怪我の予防にも配慮しています。近年は、女子陸上競技部初のインターハイ選手、都道府県対抗女子駅伝の強化選手等、個々人のレベルが向上しています。