男子ハンドボール部は「賭けよ青春めざせ日本一」のスローガンのもと、部活動に取り組んでいます。今年度は創部42年という年であり、長崎県高総体優勝、九州大会準優勝、全国高等学校総合体育大会では第３位という結果を残せました。
女子ハンドボール部は、部員を確保することが難しく、少ない人数で活動していますが、男子同様、全国で戦える集団を目指しています。